复次曼殊室利。若诸有情。好喜乖离更相斗讼恼乱自他。

以身语意造诸恶业。展转常为不饶益事。

互相谋害告召山林树冢等神杀诸众生取其血肉祭祀药叉罗刹神等。

书怨人名或作形像。以恶咒术而咒诅之。

厌魅蛊道咒起死尸。令断彼命及坏其身。

是诸有情若得闻此药师琉璃光如来名号。彼诸恶缘悉不能害。

一切展转皆起慈悲。利益安乐无.损恼意及嫌恨心。于自所有常生喜足

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时彼世尊入三摩地。名曰灭除一切众生苦恼。

既入定已。于肉髻中出大光明。光中演说大陀罗尼咒曰

南谟薄伽伐帝鞞杀社窭噜薜琉璃钵喇婆曷罗闍也

呾他揭多也阿罗喝帝三藐三勃陀也

呾侄他

唵 鞞杀逝 鞞杀逝 鞞杀社 三没揭帝莎诃

尔时光中说此咒已。大地震动放大光明。一切众生病苦皆除受安隐乐。

曼殊室利。若见男子女人有病苦者。

应当一心为彼病人清净澡漱或食或药或无虫水咒一百八遍与彼服食。

所有病苦悉皆消灭。若有所求指心念诵。皆得如意无病延年。

命终之后生彼世界。得不退转。乃至菩提。

是故曼殊室利若有男子女人。于彼药师琉璃光如来。

至心殷重恭敬供养者。常持此咒勿令废忘

药师咒义:

南谟译皈依,或敬礼.

薄伽伐帝,即薄伽梵,世尊之义.

鞞杀社窭噜,即药师.

薜琉璃钵喇婆曷罗闍也,即琉璃光.

呾他揭多也,即如来.

阿罗喝帝,译应,即应供.

三藐三勃陀也,译正等正觉.

故连合之,即皈依世尊药师琉璃光如来应供正等正觉.

呾侄他乃是即说咒曰之义.

自唵至莎诃,方是药师咒之正文

唵字应读翁音

咒为总持,唵为总持之总持,故一切经咒,皆冠以唵字

鞞杀逝 鞞杀逝,为药之,药之之义,是医治义,做动词用.

鞞杀社,为药义,当名词.

鞞杀逝 鞞杀逝 鞞杀社,合为以药药之之药.

三没揭帝,即普度之义.

莎诃,为速疾成就之义.

故连合之,即以药普渡一切众生病苦之大愿速得成就.

全咒之义为

皈依世尊药师琉璃光如来应供正等正觉

以药普渡一切众生病苦之大愿速得成就

节录自药师本愿经讲记-太虚大师着

南无佛陀耶 南无达摩耶 南无僧伽耶